1684 m. (1811 m.) Klaipėdos pilies graviūra
(VAA. F.5, b.418, l.25)

1535 m. Klaipėdos pilis
(VAA. F.5, b.418, l.26)

1757 m. Klaipėdos pilis
(VAA. F.5, b.418, l.27)

          Aplink Klaipėdą, dešimties kilometrų spinduliu, stovėjo grandinė piliakalnių bei pilių, skirtų apsisaugoti nuo vikingų ir kitų priešų. Kryžiuočių ordinui užgrobus Klaipėdą miestui buvo parūpintos Magdeburgo teisės, sudaryta pasaulietinė ir bažnytinė valdžia, pradėta pilies, Marijos katedros (pačioje pilies teritorijoje), Šv. Jono bažnyčios (lietuviams) ir Šv. Mikalojaus bažnyčios (kuršiams ir kt.) priešpilio teritorijoje statyba. Rašytiniuose šaltiniuose Klaipėdos pilis pirmą kartą paminėta 1252 m. liepos 29 d. – Didysis ordino magistras ir Kuršo vyskupas tariasi dėl pilies tarp Nemuno ir Danės statybos. Klaipėda, kuriai buvo suteiktos Liubeko savivaldos teisės, pačiame privilegijos akte vadinama Memelenborgu (1365 m. Didysis magistras pakartotinai patvirtino Liubeko savivaldos teises). Pastatyta ordino pilis buvo nuolat stiprinama ir plečiama. Gyvenamųjų pilių ir gynybinių tvirtovių ribas nustatyti labai sunku, nes gyvenamieji rūmai buvo tvirtinami bokštais, kuriuose gyventa, taip pat storomis sienomis, neretai su šaudymo angomis, ambrazūromis bei galerijomis, kuriose vyko gynyba ir budėjo sargyba.
          1552 m. Prūsijos kurfiurstas suteikė Klaipėdai prekybos su Žemaitija monopolį. Miestas pamažu plėtėsi, didėjo gyventojų skaičius. 1684 m. miesto graviūroje matoma ne tik senoji pilis – citadelė, bet ir miestas, juosiamas pyliminių žvaigždinių įtvirtinimų ir bastionų bei gynybinių sienų. Senosios Danės vagos ir atšakos buvo naudojamos tvirtovės fosoms bei tvenkiniams užlieti vandeniu. Pilies teritorija pietų, rytų ir šiaurės kryptimis buvo praplėsta – pylimams, bastionams, ravelinams ir vandens grioviams (Danės upės ir Kuršių marių). 1833 m. Klaipėdos miesto graviūroje (manoma, kad ši graviūra yra 1535 m. graviūros kopija) senoji pilis, vadinama citadele, vaizduojama sutvirtinta pylimais su žvaigždiniais bastionais kampuose bei tvenkiniais aplink juos. XVII a. pilies gynybinės sistemos pagrindas buvo pylimai, žvaigždinės formos bastionai ir priešais pylimus suprojektuoti keturi ravelinai – vandens griovių juosiamos trikampės salos. Pilį saugojo keturi bastionai ir tarp jų supilti pylimai su trimis didesniais ir dviem mažesniais ravelinais. Du bastionai su vandens tvenkiniu priešais yra išlikę iki mūsų dienų. Tai vienintelė tokia sudėtinga gynybinė sistema Lietuvoje. 1757 m., karo su Maskva metu, Klaipėdos pilies gynybinė sistema gerokai nukentėjo. Šie metai tapo pilies ir gynybinių įrengimų griovimų pradžia.
          XIX a. pr. dešiniajame Danės krante pradėjo kurtis naujasis Klaipėdos miestas. Jį saugojo penki bastionai, vadinti šancais. Senoji gynybinė sistema nustojo veikusi. Ją pakeitė šancai, bunkeriai, apkasai, ištisi tvirtovių požemiai – fortai. Tačiau netrukus, XIX a. pr., senuosius gynybinius įrengimus imta pardavinėti, motyvuojant sunkia magistrato padėtimi. 1825 m., pardavus prie senosios pilies buvusį Mykolo raveliną, jame pradėta prekiauti šienu ir šiaudais. Bastionas prie Kulių vartų buvo perleistas žydų bendruomenei, kuri čia įsteigė ligoninę. 1872–1874 m. buvo nugriauti paskutiniai pilies rūmai.
          Klaipėdos pilies bei įtvirtinimų statyba skirstoma į keletą etapų. Ordino mūrinė Klaipėdos pilis savo kompleksu, planine struktūra bei apimtimi pergyveno du – komtūrinės ir konventinės (koncentracinės) pilies etapus. 1252 m. į dabartinį Klaipėdos uostą atplaukę Ordino riteriai nusprendė apsistoti prie Danės žiočių ir pastatė čia pilį. Tačiau kai kurių šaltinių (Lietuvos ir Žemaičių metraštis, Klaipėdos planai ir Stokholmo XVII a. pr. anotacijos) tvirtinimu, ordinas paprasčiausiai pritaikė savo reikmėms čia jau stovėjusią pilį. XIV a. antroje pusėje komtūrinę pilį reikėjo dar labiau sutvirtinti, o XV – XVI a. - apjuosti pylimine tvirtove. Po 1398 m. Salyno sutarties vietos gyventojų santykiai su ordinu lyg ir pagerėjo, bet dėl didelės Vytauto įtakos žemaičiams buvo pastatytos Tilžės, Ragainės pilys, o Klaipėdos pilis rekonstruota į galingą konventinę Kryžiuočių ordino pilį. Ragainė ir Klaipėda tapo pasienio pilimis, pasirengusiomis Lietuvos puolimui. 1401–1409 m. pilis buvo rekonstruota į galingą keturių korpusų mūrinę pilį su arsenalu, ūkiniu pastatu, vienuolių korpusu, konventu. Pilies kieme buvo virtuvė bei valgykla, vėliau ir mokykla, o trys pilies teritorijoje stovėjusios bažnyčios buvo iškeltos. Pilis nuo XV a. pr. iki pat jos likvidavimo mažai tesikeitė: ji buvo keturkampė, keturių korpusų, su erdviu kiemu ir keturiais ar penkiais bokštais kampuose (du iš jų saugojo įvažiavimą į pilies kiemą). Ordinui žlugus pilis tapo reprezentacine, o gynybą užtikrino tik pyliminės tvirtovės su bastionais parako artilerijai. 1660 m. pilį nusiaubė didelis gaisras, po kurio ją prireikė restauruoti. Žymesnių pokyčių nebuvo, tik atsirado arklidės, valgomasis korpusas.
          XVIII a. antroje pusėje Klaipėdos pilis pradėjo griūti. 1866–1883 m. jos vietoje, kaip ir Nerijos Kopgalyje, buvo bandoma įrengti tvirtovės tipo fortus, bet XIX a. pab. visi darbai buvo nutraukti ir vietovė išlyginta. Vis dėlto du bastionai išliko. XIX a. pab. – XX a. pr. nugriovus pilį ir užpylus gynybinius griovius piliavietės teritoriją imta naudoti laivų statybos ir remonto reikmėms, kol galiausiai ji tapo laivų remonto gamybinių pastatų cechų zona.
          1994 m. Lietuvos Respublikos Vyriausybės priimtu nutarimu AB „Klaipėdos laivų remontas” buvo įpareigota iki 2009 m. visą teritoriją etapais perduoti savivaldybei. 1998 m. buvo paskelbtas piliavietės sutvarkymo ir panaudojimo konkursas, o 2002 m. rugpjūčio 1 d. Klaipėdos pilyje įsikūrė Mažosios Lietuvos istorijos muziejaus skyrius.