Archyvo fondai: Alytaus apskrities archyve saugomi dokumentai užima 1825 metrus lentynų, tai - 626 fondai, kuriuos sudaro 162150 saugojimo vienetų, įrašytų į 930 apyrašų. 
Saugomi dokumentai sudaro 2 kompleksus: 

Tarybinio laikotarpio (1944-1989 m.) dokumentų kompleksas sudaro didesniąją saugomų dokumentų dalį. Tai Alytaus miesto ir rajono, Druskininkų miesto, Lazdijų miesto ir rajono, Varėnos miesto ir rajono valstybės ir vietos savivaldos institucijų bei įmonių, įstaigų, organizacijų veiklos dokumentai. Archyve sukaupta ir saugoma šio laikotarpio dabartinės Alytaus apskrities teritorijoje veikusių vietos savivaldos institucijų: miestų, rajonų, apylinkių Darbo žmonių deputatų tarybų (nuo 1977 m. - Liaudies deputatų tarybų) vykdomųjų komitetų dokumentai, teismų, notarinių kontorų, švietimo, kultūros, sveikatos apsaugos įstaigų, pramonės įmonių, žemės ūkio įmonių: mašinų-traktorių stočių, tarybinių ūkių, kolūkių dokumentai. 

Nepriklausomybės laikotarpio (nuo 1990 m.) dokumentų kompleksas dar tik kuriamas. Šiuo metu jau sukauptus šio laikotarpio dokumentų fondus sudaro apylinkių tarybų ir viršaičių dokumentai, apylinkių agrarinių reformų tarnybų dokumentai, kurių istorinė ir praktinė reikšmė (šie dokumentai svarbūs piliečių nuosavybės įteisinimo procese) nenuginčijamai didelė.