Šiaulių apskrities archyvas saugo 1243 fondus, kuriuos sudaro 364983 saugojimo vienetai, įrašyti į 1959 apyrašų. Dokumentai užima 3441 metrų lentynų. Archyvas saugo turinčius istorinę, mokslinę, kultūrinę ir kitą išliekamąją vertę fondus:

          Lietuvos Respublikos (1918-1940 m.) dokumentų kompleksą sudaro 1926-1933 m. Šiaulių miesto savivaldybės ir 1938-1940 m. Šiaulių miesto mokesčių inspekcijos dokumentai.

          Tarybinio laikotarpio (1940-1941 ir1944-1990 m.) dokumentų kompleksą sudaro1940-1941, 1944-1950 m. Šiaulių miesto, Joniškio, Kelmės, Kuršėnų, Radviliškio, Šiaulių apskričių;1950-1962 m. likviduotų Kuršėnų, Linkuvos, Šeduvos, Tytuvėnų, Užvenčio rajonų; 1950-1990 m. Šiaulių miesto, Akmenės, Joniškio, Kelmės, Pakruojo, Radviliškio, Šiaulių rajonų vietinių valstybės valdžios ir valdymo, teisingumo, statistikos, planavimo, mokslo ir mokymo, kultūros, švietimo, sveikatos apsaugos įstaigų, pramonės įmonių, kolūkių, tarybinių ūkių, visuomeninių bei kitų organizacijų dokumentai.

          Nepriklausomybės laikotarpio (nuo 1990 m.) dokumentų kompleksą sudaro Šiaulių miesto, Akmenės, Joniškio, Kelmės, Pakruojo, Radviliškio, Šiaulių rajonuose veikusių notarinių kontorų, notarų biurų (išskyrus Akmenės, Joniškio, Šiaulių raj.), valstybinių pramonės ir žemės ūkio įmonių, kitų įstaigų ir organizacijų dokumentai. 

          Literatų, technikos, kultūros, sveikatos apsaugos, švietimo, mokslo veikėjų, gyvenusių bei tebegyvenančių minėtoje teritorijoje, asmenų fondus, tapusius valstybės nuosavybe.