Vilniaus apskrities archyvas savo veiklą pradėjo 1996 m. balandžio 1 d. Lietuvos archyvų departamento prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės 1996 m. vasario 26 d. įsakymu Nr. 15 „Dėl archyvo steigimo ir likvidavimo“ likvidavus Švenčionių apygardos archyvą ir minėto archyvo dokumentų fondus perdavus Vilniaus apskrities archyvui.

         1996 m. rugsėjo 9 d. Lietuvos archyvų departamento prie Lietuvos Respublikos Vyriausybės įsakymu Nr. 37 patvirtinti pirmieji Archyvo nuostatai.

         Nuo 1996 m. gegužės 2 d. Vilniaus apskrities archyvo direktore paskirta Stasė Marcinkonienė.

         Nuo 2012 m. kovo 1 d. Vilniaus apskrities archyvo direktoriaus pareigas eina Virgilijus Morosas.

         Gavus Lietuvos archyvų departamento leidimą steigti Vilniaus apskrities archyvo filialą, archyvo direktoriaus 1997 m. balandžio 28 d. įsakymu Nr. 5 „Dėl Vilniaus apskrities archyvo filialo Ukmergėje steigimo“ 1997 m. birželio 28 d. įsteigtas Vilniaus apskrities archyvo struktūrinis padalinys – filialas Ukmergėje.

         Vilniaus apskrities archyvo direktoriaus 2006 m. gegužės 15 d. įsakymu Nr. (1.2)V-10 „Dėl Vilniaus apskrities archyvo filialo Ukmergėje panaikinimo“ 2006 m. rugsėjo 29 d. buvo nuspręsta Ukmergės filialo veiklą nutraukti, o dokumentus perduoti saugoti Vilniaus apskrities archyvui.

         Vilniaus apskrities archyvas kaupia Vilniaus apskrities valdymo, vietos savivaldos ir kitų institucijų bei įstaigų dokumentus, turinčius istorinę, kultūrinę bei praktinę reikšmę, užtikrina sukauptų dokumentų išsaugojimą, teikia metodinę ir praktinę pagalbą juridiniams ir fiziniams asmenims, organizuoja dokumentų paiešką, saugomų dokumentų pagrindu išduoda pažymas, išrašus, kitus dokumentus juridiniams faktams patvirtinti.

         Archyve yra saugomi tarybinio laikotarpio (1940–1941 m., 1944–1990 m.) dokumentai: Vilniaus, Eišiškių, Šalčininkų, Trakų, Švenčionių, Ukmergės, Širvintų, Naujosios Vilnios, Pabradės, Švenčionėlių rajonų ir miestų vykdomųjų komitetų, notarinių kontorų, mokslo, gydymo, švietimo, kultūros įstaigų veiklos dokumentai; bei Nepriklausomybės laikotarpio (nuo 1990 m.) dokumentai: Šalčininkų, Širvintų, Švenčionių, Trakų, Ukmergės, Vilniaus rajonų tarybų ir valdybų, Eišiškių, Lentvario, Nemenčinės, Pabradės, Šalčininkų, Širvintų, Švenčionėlių, Švenčionių, Trakų, Ukmergės, Vievio miestų tarybų ir merų, apylinkių ir gyvenviečių tarybų ir viršaičių bei seniūnijų veiklos dokumentai.

         Taip pat visuomenė gali susipažinti su archyve saugomais kultūrinio paveldo – Paminklų restauravimo instituto, Architektūros muziejaus, Vilniaus miesto valdybos Urbanistikos ir architektūros skyriaus Vilniaus miesto plėtros, Vilniaus senamiesčio restauravimo direkcijos – dokumentais, kurie atskleidžia ne tik sostinės Vilniaus, bet ir visos Lietuvos miestų ir miestelių architektūrinę, kultūrinę plėtrą.

         Paminklų restauravimo instituto dokumentuose galima susipažinti su Pažaislio kamaldulių vienuolyno, Mikalojaus Konstantino Čiurlionio dailės muziejaus filialo Pažaislyje, Senųjų Trakų benediktinių vienuolyno, Senųjų Trakų piliavietės, Mažeikių rajono (buv. Akmenės r.) Viekšnių vaistinės, bei kitų Lietuvos miestų įžymių vietovių, dvarų, įstaigų techniniais dokumentais – brėžiniais, maketais, fotografijomis.

         Norintys dar plačiau pagilinti savo žinias architektūros srityje archyve ras Architektūros muziejaus dokumentus.

Čia saugomi garsių architektų V. Landsbergio-Žemkalnio, V. Drėmos, V. Zubovo, V. Brėdikio, A. Kaušpėdo, E. Arbo-Arbačiausko ir kitų architektų darbai.

         Besidomintys Vilniaus miesto plėtra nemažai įdomių ir reikalingų žinių gali pasisemti iš Vilniaus miesto valdybos Urbanistikos ir architektūros skyriaus Vilniaus miesto plėtros dokumentų.

         Archyve saugomi Vilniaus miesto Katedros aikštės sutvarkymo projektas, Gedimino kalno projektai, eskizai ir apmatavimai, Vingio parko, Vilniaus miesto planai, Vilniaus miesto užstatymo taisyklės toponuotraukos bei kiti dokumentai.

         Vilniaus senamiesčio restauravimo direkcija archyvui perdavė saugoti Raudonojo kryžiaus ligoninės patalpų, Radvilų rūmų, Šv. Kotrynos bažnyčios, Teatro ir muziejaus koncertų ir parodų salės ir kitų Vilniaus senamiesčio pastatų prieš projektinius, projektinius darbus bei darbinius projektus.

         Archyvas neapsiriboja vien dokumentų saugojimu ir išdavimu, bet taip pat aktyviai prisideda ir prie jų sklaidos.

         2005 metais archyvo skaitykloje buvo surengta paroda „Lietuvos kultūros paveldas (dvarų istorija)“.

         Tais pačiais metais archyvas pateikė medžiagos ir Lietuvos archyvų departamento internetinėje svetainėje veikusioje virtualioje parodoje „Lietuvos pilys“.

         2006–2007 metais dalyvavo rengiant virtualią parodą pavadinimu „Lietuvos katalikų bažnyčios ir vienuolynai“. 

         2011 metais minint archyvų įkūrimo 90-metį dalyvavo rengiant bendrą parodą „90 praeities akimirkų“.

_ _ _